Celý areál Slovanského hradiště v Mikulčicích je součástí přírodního parku „Mikulčický luh“, sahajícího od říčky Kyjovky po hraniční řeku Moravu.

Mikulčický luh zaujímá lužní les na části okresu Hodonín. Tvoří spolu s přírodní rezervací Skařiny tzv. „biocentrum regionálního významu Mikulčice“.

Území hradiště je ze tří čtvrtin svého obvodu vklíněno do předpolí Státní přírodní rezervace Skařiny – lužní les, jednoho z našich největších hnízdišť čápů bílých, volavek popelavých, ledňáčka říčního i moudivláčka obecného, v místě s výskytem vydry říční a se stále většími stopami po působení donedávna zde neznámého bobra evropského. Výsledky jeho aktivity můžeme spatřit v okolí IX. mikulčického kostela – dvouapsidové rotundy – popravdě řečeno k malé radosti ochránců lesa. Lužní lesy zde stále mají svoji základní protipovodňovou a vodohospodářskou funkci. Po regulaci řeky Moravy zde vzniklo slepé rameno, zbytkové meandry, mokřady a lesní jezírka.

V rámci ochrany a podpory ptactva, tzv. biodiverzity, bylo v rezervaci a v jejím nejbližším okolí napočítáno 79 ptačích druhů, včetně vzácně sem zalétnuvšího luňáka červeného nebo dokonce orla mořského. Hojná je sova kalous ušatý, dlask tlustozobý, sýkora modřinka, sýkora koňadra, brhlík lesní a řada dravců v čele s kánětem a poštolkou. Běžnými obyvateli zde jsou datel černý, strakapoudi, žluva zelená, šoupálek krátkoprstý a další.
Z dravců je běžná liška obecná, kuna lesní, a lasička; v těsném sousedství základů jednoho z kostelů měl své doupě i jezevec.

Početný je výskyt pozoruhodných rostlin v bylinném patře: sněženka podsněžník, orsej jarní, smolnička obecná, kyprej prutnatý, dymnivka plná, plicník tmavý, křivatec žlutý, šmel okoličnatý, česnek medvědí, atd. Vůbec nejvzácnější je sněženka předjarní, ladoňka travénská a dymnivka nízká. Z drobných živočichů se vyskytují např. páskovka hajní (druh plže), rosnička zelená, ropucha hajní, slepýš křehký, z brouků tesařík Clitus tropicus, nosorožík kapucínek, kobylka zelená, z motýlů pestrokřídlec podražcový a další. Skařiny jsou uznávány jako významný krajinný prvek.

Lužní les, který ze dvou třetin obklopuje lokalitu Slovanského hradiště v Mikulčicích, má ve své péči státní podnik Lesy České republiky. Areál hradiště tvoří spolu s uvedenou přírodní rezervací  tzv. „biocentrum regionálního významu Mikulčice“. Foto: Svatopluk Rutar, Ant. Pánek